药物预防通常使用一些安全、有效、价廉的药物，如母兔产后3天内喂服复方新诺明、长效磺胺或土霉素，可预防乳房炎等疾病；在仔兔开食或断奶期间，用呋喃唑酮（痢特灵）可预防沙门杆菌病和大肠杆菌病，减少腹泻发生；用氯苯胍或球痢灵可预防球虫病；添喂磺胺二甲基嘧啶或强力毒素可减少波氏杆菌病、巴氏杆菌病及球虫病的发生；用喹乙醇可预防巴氏杆菌病及魏氏梭菌病；平时在饲料中混入一些葱、蒜等可预防球虫病、滴虫病及其他细菌感染性疾病；春喂茵陈、蒲公英，夏秋喂败酱草、马齿苋，冬喂桑叶可预防感冒；用金银花、甘草、绿豆汤可预防中毒病等。但必须注意，使用药物预防疾病，长期用药容易使病原体产生耐药性，从而影响预防效果，发病后治疗效果也差；还可能诱发维生素缺乏、慢性中毒等其他疾病。
因此，应经常进行药敏试验，选择有高度敏感性的药物用于防治疾病，并注意用药量，反对将药物作为饲料添加剂长期不间断地使用。在兔出栏屠宰前一段时期应减少药用或不用药物，以免药物残留而影响肉品质量，危害人体健康。
兔的寄生虫病不仅影响兔生长，降低饲料报酬，诱发其他疾病，有的还影响兔肉品质，甚至使兔发病死亡。要消灭或控制寄生虫病，必须根据所在兔场及地区兔的寄生虫种类和不同寄生虫病的流行特点，制定综合防治措施。在生产实践中较为有效、可行的方法就是计划驱虫，它具有药物预防（消灭传染源、防止病原扩散）和治疗病兔的双重意义。因此，每年都要定期、适时驱虫，一般是在春秋两季进行2次全群普遍驱虫。目前，高效、低毒、广谱的驱虫剂种类较多，可选择使用。但选择药物时应考虑使用方便，以节省人力和物力。
丙硫咪唑是较为理想而常用的驱虫药物，它可以驱除体内线虫、绦虫、绦虫蚴及吸虫等。仔兔最易暴发球虫病，死亡率高，应重点防治，特别是在炎热多雨季节更要加强预防。
兔螨病是危害养兔业的又一严重寄生虫病，预防和根治该病是一大难题。因兔不耐药浴，目前只能通过定期普查，发现病兔及早治疗，用依维菌素皮下注射疗效较好。
驱虫过程中应注意，新用药物应先做小群驱虫试验，取得经验并肯定药效和安全性后，再进行全群驱虫；使用驱虫、杀虫药物，剂量要准确；用药后要加强护理和注意观察，必要时采取对症治疗，及时解救出现毒副反应的病兔；驱虫期间要加强粪便、污染物的无害化处理，防止病原扩散。
